La ou les causes de cette anomalie qui touche l'identité de genre étant peu claire pour l'instant, seule une première approche psychothérapeutique standardisée par des critères bien distincts au deux sexes permet de reconnaître le trouble de l'identité de genre spécifique. Ensuite, c'est le professionnel en santé mentale qui recommande l'accès à la transformation « hormono-chirurgicale ».

Malgré les nombreuses idées fausses qui circulent sur le sujet du transsexualisme, il a été observé avec le recul, que l'équilibre et la qualité de vie des patients ont été considérablement améliorés par cette prise en charge pluridisciplinaire.

En Suisse, la situation des personnes transsexuelles est réglée par la jurisprudence, dont les deux jugements du Tribunal Fédéral règlent les modalités de remboursement de l'opération. Le premier de ces jugements date de 1975 et l'autre du début des années 1980. A signaler, le dernier en date, datant de 2006, faisant jurisprudence pour la mise en place des implants péniens.

Les opérations de réattribution de sexe sont remboursées au titre de l'assurance maladie de base pour autant que les conditions suivantes soient remplies : l'opération est autorisée par un médecin psychiatre, elle est effectuée en hôpital public, la personne a 25 ans révolus, et elle a été suivie pendant au moins deux ans avant l'opération. La rectification d'Etat Civil interviendra après l'opération et nécessitera un certificat du chirurgien.

Comme susmentionné, les médecins psychiatres, chirurgiens, et endocrinologues se réunissent collégialement pour évaluer les patients qui font l'objet d'une demande de réassignation sexuelle.

Ces patients sont souvent déjà au bénéfice d'un suivi psychiatrique, de plus ils ont ou vont bénéficier également, d'un bilan endocrinien et chirurgical diagnostique.

Cette réunion pluridisciplinaire est une instance décisionnelle formée par des professionnels compétents et spécialisés dans les troubles de l'identité de genre, pour offrir une démarche thérapeutique la plus adaptée pour le patient.

Le diagnostique et l'indication au traitement sont posé, s'il n'y a pas de contre-indication sur le plan psychiatrique, endocrinologique ou chirurgical.

Dès que la décision a été prise, la médication hormonale (la décision de prescrire des hormones ou anti-hormones doit être considérée comme aussi importante que celle d'opérér) peut-être initiée ou poursuivie en parallèle au suivi psychiatrique.

Quant aux interventions chirurgicales, elles feront l'objet d'une demande écrite à l'assurance maladie avec l'accord écrit également, d'un professionnel en santé mentale qualifié dans les dysphories de genre.